La Ermita fue fundada en el último cuarto del siglo XVI por Pedro Fernández Orozco, que también fundó San Miguel, y su mujer, Mari Ruiz. Aparece en continuos documentos como una de las puertas de acceso a la Villa. Unas veces como entrada a La Mancha, y otras como entrada de Jaén, Jumilla, y otras partes. Ha pasado por épocas de esplendor y otras de casi abandono. 

Durante el siglo XVIII el arreglo y dotación de la Ermita de Los Santos aumenta de forma considerable convirtiéndose en uno de los centros de culto más importantes de la Villa. Esto motivó que a finales de este siglo los cimientos de la vieja Ermita se rompiesen con pólvora para la construcción de la nueva Ermita, que es la que hoy se conserva.

La actual Ermita fue inaugurada, con la Entronización de Los Santos, el 28 de Agosto de 1803, según recoge el acuerdo capitular "-que en los tres días siguientes se haga, en el Lunes, la función de colocación de los Patronos en su Ermita, y, enseguida, las corridas..."

El edificio también sufrió la furia iconoclasta de 1936, habiendo sido reparada en ocasiones posteriores, la última, y que ha dotado al edificio de una belleza exterior singular fue inaugurada el 27 de Julio de 2006 con la colocación sobre las Sagradas Imágenes de Los Santos Mártires de unas nuevas Bandas (las antiguas son de dimensiones más reducidas) y su Entronización en el Altar Mayor, siguiendo el ejemplo de la de 1803.

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